Το Πρόγραμμα «Π.Μ.Σ. – Ε.Π.ΤΕ.Π.Π. Ευρωπαϊκού Πανεπιστημίου Κύπρου – Πανεπιστημίου Δυτικής Αττικής» είναι αυτοχρηματοδοτούμενο, μέσω διδάκτρων και εξόδων καταβαλλομένων από τους εισαγόμενους φοιτητές στο εν λόγω Πρόγραμμα.  Επίσης, έσοδα μπορεί να έχει από τον κρατικό προϋπολογισμό και από χορηγίες του δημόσιου και ιδιωτικού τομέα ή από οποιαδήποτε άλλη πηγή σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία.  Το σύνολο των διδάκτρων ορίζεται σε τρεις χιλιάδες ευρώ (3.000 €).

Τροποποίηση του ύψους των διδάκτρων δύναται να γίνει εν συνεχεία με απόφαση της Ειδικής Διατμηματικής Επιτροπής (Ε.Δ.Ε.), μετά από εισήγηση της Γενικής Συνέλευσης Ειδικής Σύνθεσης ενός εκ των οικείων Τμημάτων που διοργανώνουν το Π.Μ.Σ. – Ε.Π.ΤΕ.Π.Π.  Επίσης, με εισήγηση του Διευθυντή ή της Σ.Ε. προς την Ε.Δ.Ε. και απόφαση της Ε.Δ.Ε. δύναται να δοθούν υποτροφίες, το πλήθος, τους όρους και τις προϋποθέσεις των οποίων δύναται να καθορίζει ο Διευθυντής κατ` εξουσιοδότηση της Ε.Δ.Ε.

Το ποσό των διδάκτρων θα καταβάλλεται από τους φοιτητές του Προγράμματος Π.Μ.Σ. – Ε.Π.ΤΕ.Π.Π. Ευρωπαϊκού Πανεπιστημίου Κύπρου (ΕΠΚ) – Πανεπιστημίου Δυτικής Αττικής στον Ειδικό Λογαριασμό Κονδυλίων Έρευνας (Ε.Λ.Κ.Ε.) του Πανεπιστημίου Δυτικής Αττικής.