Οι στρατηγικοί στόχοι της έρευνας του ΠΜΣ είναι οι εξής:

1. Προαγωγή της έρευνας στα πεδία ενδιαφέροντος του ΠΜΣ «Εφαρμοσμένες Πολιτικές και Τεχνικές Προστασίας Περιβάλλοντος»
2. Περαιτέρω ενίσχυση της εξωστρέφειας του ΠΜΣ με την συνέχιση της ανάληψης ερευνητικών εργασιών με πρωτογενές υλικό περιβαλλοντικού ενδιαφέροντος.
3. Διασύνδεση της έρευνας με τις ανάγκες των τοπικών κοινωνιών, μέσω συνεργασιών με δημόσιους φορείς και οργανισμούς (πρωτότυπες ερευνητικές μελέτες, συμμετοχή σε συνέδρια, κ.λπ.)
4. Ενίσχυση συνεργιών μελών ΔΕΠ του ΠΜΣ για κοινά ερευνητικά έργα, δημοσιεύσεις, συμμετοχές σε συνέδρια, κ.λπ.
5. Ενίσχυση της ερευνητικής δραστηριότητας των συνεργαζόμενων εργαστηρίων του ΠΜΣ και ένταξη μελών ΔΕΠ σε ερευνητικές ομάδες ανάλογα με τα αντικείμενα έρευνας.
6. Ενίσχυση ερευνητικού εξοπλισμού του ΠΜΣ και των εργαστηρίων με την προμήθεια, λογισμικού και εξοπλισμού.

Ερευνητική δεοντολογία: Ερευνητική δραστηριότητα εναρμονισμένη με τις αρχές της δεοντολογίας στην έρευνα, όπως αυτές διατυπώνονται στον Κώδικα Δεοντολογίας και Καλής Πρακτικής του ΠΑΔΑ.